レベルシフタには内部回路にプルダウンやプルアップ抵抗が内蔵されております。
IC内部の抵抗と外部のプルアップ抵抗/プルダウン抵抗と競合することにより、出力電圧が分圧されてしまう場合がございます。
分圧されてしまうことで、出力電圧が所望電圧よりも下がってあらわれます。
データシートに外部抵抗の規定がございますのでそちらをご確認ください。

出典：TXB0104データシート（https://www.ti.com/lit/ds/symlink/txb0104.pdf）

対策としては、外部抵抗を外して頂くか、バッファICを設けて頂き抵抗分圧されないよう処理頂くことになります。

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