mickey.mouseさん
申し訳ありません。
再現検証いたしましたが、一つのプロジェクトに複数のBuild Configurationを作成し、以下の操作を実行しましたが、ご指摘のリンカコマンドファイルの設定がクリアされるという現象は再現することができませんでした。
controlSUITEにあるサンプルプロジェクト、新規に作成したプロジェクトでも、再現せず複数のConfigurationで設定したリンカコマンドファイルは、設定がクリアされることはありませんでした。
ローカルディレクトリを指定されると、プロジェクト内にファイルがインポートされますが、その後でプロジェクトビューの操作で対象のリンカコマンドファイルに対し”Exclude from Build”を実施されますと、設定はクリアされます。
また、ActiveでないBuild Configurationを修正される際は、修正後にOKボタンによる確定を行わずにConfigurationを変更されると、修正が反映されません。
今一度、操作手順をご確認頂けないでしょうか。
よろしくお願いいたします。